針對填料保留機理的不同(填料保留目標化合物或保留雜質(zhì))，操作稍有不同。
固相萃取操作一般有四步
一、填料保留目標化合物
1、活化----除去小柱內(nèi)的雜質(zhì)并創(chuàng)造一定的溶劑環(huán)境。
2、上樣----將樣品用一定的溶劑溶解，轉(zhuǎn)移入柱并使組分保留在柱上。
3、淋洗----除去干擾物。
4、洗脫----用小體積的溶劑將被測物質(zhì)洗脫下來并收集。
二、填料保留雜質(zhì)
固相萃取操作一般有三步
1、活化--除去柱子內(nèi)的雜質(zhì)并創(chuàng)造一定的溶劑環(huán)境。
2、上樣--將樣品轉(zhuǎn)移入柱，此時大部分目標化合物會隨樣品基液流出，雜質(zhì)被保留在柱上，
故此步驟要開始收集
3、洗脫---用小體積的溶劑將組分淋洗下來并收集，合并收集液。
此種情況多用于食品或農(nóng)殘分析中去除色素。
一、固相萃取裝置采用哪種上樣方式適合?
目前市面上常用正壓上樣和負壓上樣兩種方式萃取，但負壓上樣因不能有效控制流速而造成回收率不穩(wěn)定和儀器重復性差等原因，所以主流廠家一般采用正壓上樣方式，全自動固相萃取儀采用高精度注射泵正壓上樣洗脫樣品，更加準確地控制液體流速，從而顯著提高了儀器重復性并確保了樣品回收率。
二、樣品處理速度有什么要求?
單個樣品的固相萃取循環(huán)一般為20分鐘左右，一般廠家的固相萃取儀都差不多。所以，一般來說，儀器同步處理的樣品數(shù)越多，處理速度就越快。全自動固相萃取采用6通道+3種模式靈活萃取，提高了樣品處理速度。
三、能否有效避免萃取過程中流路的堵塞?
應(yīng)用過程中常遇到的問題：流路堵塞造成儀器故障。
在發(fā)生柱堵塞時，大部分不能自動檢測，使樣品和溶劑泄露，造成嚴重損失和交叉污染。流路內(nèi)置高靈敏壓力傳感器，當流路壓力>0.6Mpa時，系統(tǒng)會自動報警，從而有效保護裝置。
四、能否對交叉污染進行有效控制?
樣品和溶劑使用同一管路，易造成污染，尤其是無清洗功能的儀器，短時間內(nèi)，管路就會殘留多種化合物，這是造成很多實驗失敗的根本原因。采用流路分離單元自動選擇溶劑，有機溶劑廢液有獨立的廢液通道，有效避免交叉污染。
